结局一览
游戏开创性地设计了十余种结局，只要达成一定条件就能够给世界带来迥异的命运。
丰富多彩的结局是时空之旅的特色之一，也成为玩家们体验二周目的重要动力。
最难见到的“史克威尔开发室”结局更是让人体会到了制作背后的种种酸甜苦辣。
失败结局
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| 结局 1 Bad Ending |
| 条件：挑战拉沃斯失败即可。 |
拉沃斯出现在了大地上，毁灭了世界。
BUT... THE FUTURE REFUSED TO CHANGE
（但是……未来拒绝了改变） |
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普通结局
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| 结局 2 时之卵（時の卵/Reunion） |
| 条件：复活克罗诺之前打倒拉沃斯 |
| 胜利后大家怀着悲哀的心情回到自己的时代。在千年庆典广场上玛尔与众人再次相会，原来为了使克罗诺复活，大家又重新聚集在了一起，时光终点的神秘老人也送来了一样重要的道具——时之卵，那么他们到底成功了没有呢？ |
结局变化：
◆ 如果魔王成为同伴，他会在结尾时出现；如果没有，在广场重逢时青蛙会以人类外貌出现
◆ 如果通过银翼号撞击拉沃斯外壳并通关，玛尔会乘气球飘走。 |
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| 结局 3 命运之时（運命のときへ……/Beyond Time） |
| 条件：复活克罗诺之后打倒拉沃斯 |
| 胜利后大家在千年庆典的广场一一告别，最后可以看到大家在各自时代的和平生活。 |
结局变化：
◆ 如果赢得克罗诺人偶，便可以在广场上看见
◆ 克罗诺见国王时，国王身边的人是皮艾尔，如果在支线剧情救出了大臣，那么站着的便是大臣
◆ 如果在支线剧情救下拉拉，那么她就会站立起来
◆ 如果魔王成为同伴，他会在结尾时出现；如果没有，青蛙会在自己时代中恢复人类外貌
◆ 猫的数量与家中数量一致
◆ 如果通过银翼号撞击拉沃斯外壳并通关，可以看到克罗诺与玛尔“远走高飞”的场面，非常浪漫！ |
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特殊结局
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| 首先从黑梦路线打通一遍游戏（注：打完黑梦后返回，再经其他路线打通也可），然后复位，在标题画面的ニューゲーム（NEW
GAME）旁会出现つよくてニューゲーム（NEW GAME+）的选项。选择之后再选择存档，便能继承级别与道具重新开始游戏。此时，便可从初次进行时空穿梭的传送机器处随时挑战拉沃斯，到达时光终点后也可以通过时光隧道去挑战。在不同的时段打倒拉沃斯便可以见到丰富多采的结局。 |
| 结局 4 史克威尔开发室（スクウェア開発室/The Dream Project） |
| 条件：游戏开始～前往中世前 or 在海底神殿打倒拉沃斯 |
| 胜利后会进入本游戏的开发室，见到制作人员。与所有人交谈后还能够进入最后的房间，看到鸟山明、崛井雄二和坂口博信三人。
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| 结局 5 青蛙与莉妮（カエルとリーネ/The Successor of Guardia） |
| 条件：从中世返回后～克罗诺接受审判前 |
| 胜利后，克罗诺和玛尔等人回到现代，但人们对玛尔的态度很奇怪。回城后，一卷AD600年的胶片揭开了所有的秘密…… |
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| 结局 6 小角色（チビキャラ/Good Night） |
| 条件：到达时光终点～触发中世塞南桥剧情前 |
| 像是影片的结尾，可以看到三只怪物的搞笑场面。 |
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| 结局 7 真正的魔王是（魔王の正体は/Legendary Hero） |
| 条件：穿过塞南桥～取回勇者徽章前 |
| 在和平的未来，罗博与他的女友在广场上相聚，接着又会看到勇士塔塔为拯救人民去魔王城与魔王决战，但他见到的却是三个人…… |
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| 结局 8 「邪恶」的后日（「悪」のその後/The Unknown Past） |
| 条件：取回勇者徽章后～前往原始时代前 |
| 打败最后的敌人，大家回到自己的时代正要过上安居乐业的生活，但在中世纪与原始时期还有两场决定人类命运的战争。
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| 结局 9 龙套演员（サブキャラ/People of the Times） |
| 条件：从原始时代返回～触发魔岩窟剧情前 |
| 在这个结局里可以看到所有的出场人物，以及对他们的评价。 |
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| 结局 10 魔王与青蛙（魔王とカエル/The Oath） |
| 条件：剑劈魔岩窟后～打倒魔王前 |
| 胜利后众人在露卡家休息，但青蛙没有忘记自己的使命，他只身来到魔王城，与魔王展开了一场你死我活的战斗。
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| 结局 11 恐龙人的明天（恐竜人の明日/Dino Age） |
| 条件：原始时代～摧毁帝兰城前 |
| 时间是AD1000年，地点在克罗诺的家乡，但住在那里的却是恐龙人。 |
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| 结局 12 魔王与拉沃斯（魔王とラヴォス/What the Prophet Seeks...） |
| 条件：摧毁帝兰城后～前往海底神殿前 |
| 被传送到古代的魔王为了改变历史独自去挑战“那个时代”的拉沃斯，胜负如何呢…… |
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| 结局 13 反省会（反省会/A Slide Show?） |
| 条件：莎拉打开封印之门后～用魔神器为项链补充能量前 |
| 玛尔与露卡两位少女对游戏中登场的男性角色进行一番海阔天空的评论，非常有趣。最后登场的克罗诺甚至也第一次开口了。 |
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